San Francisco del Cabo, es una parroquia rural perteneciente al cantón Muisne de la provincia de Esmeraldas. Su historia se remonta al año 1553, pues su nombre aparece relacionado a la historia del cantón Muisne. El Padre Rafael Savoia (1988) que se basa en las crónicas de Miguel Cabello de Balboa, quien sostiene que.
En la fecha del señor de 1553, por el mes de octubre, partió del Puerto de Panamá en esta fecha zarpó desde Panamá un barco, una parte del cual alguna mercadería y negros que en el venían, era y pertenecía a un Alonso de Illescas… pasado 30 días de navegación, pudo hallarse doblado el cabo de San Francisco, en una ensenada que se hace en aquella parte que llaman Portete; tomaron tierra en aquel lugar los marineros y saltando a ella para descansar…sacaron consigo a tierra diez y siete negros y seis negras…para que les ayudasen a buscar algo de comer… dejando el barco sobre el cable. Mientras ellos en tierra se levantó un viento y marea que le hizo venir a dar en los arrecifes de aquellas costas, los que ya en el quebrado barco habían venido, pusieron su cuidado en escapar si pudiesen algo de lo mucho que traían… y visto no poder redimir la ropa, procuraron dar cobro a sus vidas…queriéndolo poner en efecto procuraron juntar los negros los cuales y las negras se habían metido en el monte adentro, sin propósito alguno de volver a servidumbre (Savoia, 1988, pp. 30-31).
Según este mismo autor, estos territorios en esos tiempos estaban gobernados dos tribus indígenas: los Niguas y los Camps. Se dice que los Niguas eran de carácter pacífico y ocupaban un territorio que iba desde San Mateo hasta el Cabo de San Francisco, Muisne y Portete por la costa. Los Campas de carácter belicoso dominaban la cordillera costera desde San Francisco hasta Bahía de Caráquez (Savoia, 1988).
La parroquia fue creada el 29 de mayo 1861, con Ley de División Territorial. Por esta razón es una de las parroquias más antigua del cantón. El Cabo San Francisco es designada como Parroquia del Cantón de Esmeraldas el 03 de octubre de 1956. La Parroquia San Francisco pasa a formar parte del Cantón de Muisne cuando este se crea como tal.
Geográficamente la parroquia Cabo San Francisco está situada en el extremo suroccidente de la Provincia de Esmeraldas, por la costa del Pacífico, entre Galera y Quingue límites Norte y Muisne, límite sur. El río San Francisco constituye la cuenca hidrográfica más grande. En el delta o boca del rio, se encuentra el principal asentamiento humano que es la cabecera parroquia. La parroquia tiene una extensión aproximadamente de 18.848,02 has, es una zona escarpada, formada por rocas sedimentarias (arenisca y lutitas) de la formación Ónzole, depósitos marinos de Mioceno inferior (Sauer, 1965). Está drenado por varias quebradas y ríos pequeños que fluyen hacia el mar.
La parroquia Cabo San Francisco tiene el privilegio de estar en La Reserva Marina Galera San Francisco. Lo que hace que tenga una gran diversidad de ambientes costeros y submarinos, como playas de arena, de roca y esteros en donde el bosque llega hasta las orillas del mar. La parroquia cuenta con 54.604 hectáreas de área marina. A continuación, se presenta un resumen de los datos informativos de la parroquia.